Но 15 декабря 1900 года с парохода «Арктор», который следовал из Филадельфии в Лит, поступил тревожный сигнал: экипаж парохода пожаловался, что от маяка нет никакого сигнала. К сожалению, власти не придали этому большое значение, а рейс на маяк, который должен был состояться 20 декабря, отменили из-за плохих погодных условий. Только 26 декабря Джозефу Муру и команде удалось добраться до маяка. Но их никто не встретил, кроме голого флагштока. Ворота маяка и все двери оказались заперты, кровати смотрителей не заправлены, а часы остановились. Удивительно, но лампы маяка были отлично начищены, в них было достаточно топлива, а водонепроницаемые плащи смотрителей висели на своих крючках. Единственное, что было странно в обстановке маяка — перевернутый кухонный стол. По прибытии на базу капитан корабля рапортовал: «Загадочный инцидент произошел на островах Фланнана. Три смотрителя Джеймс Дукат, Томас Маршалл и Дональд „Случайный“ МакАртур бесследно пропали с острова. Остановившиеся часы и другие факты указывают на то, что это произошло около недели назад. Бедные ребята! Должно быть, их сдуло ветром с утёса или они утонули, пытаясь починить подъемный механизм или что-нибудь подобное». Последняя запись в журнале наблюдений была сделана в 9:00 15 декабря 1900 года, но перед этим в ночь на 14 декабря смотрители зафиксировали сильный шторм, хотя ни одни из береговых станций в той местности и ни один из проходящих мимо кораблей в те дни вплоть до 16 декабря никакого шторма не фиксировали. Версии событий варьируются от мистических (инопланетяне) до криминально-трагических (один из смотрителей убил двух других), но достоверной информации о том, что же произошло на далеких шотландских островах, не существует.